Charakteristische krebserzeugende Verbrennungsprodukte und Substanzen aus dem Tabakrauch kommen bei E-Zigaretten nicht vor. Dennoch handelt es sich um keine gesundheitlich unbedenklichen Produkte. Ein wichtiger Risikofaktor besteht in der inhalativen Aufnahme von Nikotin. Einige pharmakologischen Wirkungen des Nikotins, wie die Erhöhung des Blutdrucks und der Herzfrequenz, verstärkte Magensäurebildung und erhöhte Adrenalinausschüttung, werden häufig auch im Zusammenhang mit chronischen Erkrankungen diskutiert. Die langfristigen gesundheitlichen Folgen der E-Zigarette können erst in einigen Jahren zuverlässig bewertet werden.

Ein weiterer möglicher Risikofaktor von E-Zigaretten sind akute Nikotinvergiftungen bei Erwachsenen durch exzessives Rauchen von E-Zigaretten oder bei Kindern durch den nicht sachgerechten Umgang mit Liquids (z.B. Verschlucken). Nach Ansicht des BfR kann durch E-Rauchen auch eine Nikotinsucht ausgelöst werden, die ein späteres Tabakrauchen fördert.

Zusätzlich können auch von den weiteren Inhaltsstoffen der Liquids wie den Vernebelungsmitteln (Propylenglycol, Glycerin), Chemikalienzusätzen, beigefügten pharmakologischen Wirkstoffen, verschiedenen Duft- und Aromastoffen (z.B. Menthol, Linalool) und Verunreinigungen gesundheitliche Gefahren ausgehen. So kann beispielsweise Propylenglycol zu Reizungen der oberen Atemwege führen und die Lungenfunktion beeinträchtigen. Über die Langzeitfolgen einer chronischen Exposition gegenüber Propylenglycol ist wenig bekannt. Zudem gibt es Hinweise aus der Fachliteratur, dass einige Fabrikate von E-Zigaretten krebserzeugende Aldehyde freisetzen.

Auch sind Gefahren für Dritte nach derzeitigem Kenntnisstand nicht auszuschließen. Angesichts eines großen Produktspektrums an Liquids und der nahezu unbegrenzten Möglichkeiten zum Experimentieren mit Inhaltsstoffen und Konzentraten bleibt es fraglich, was ein E-Raucher im konkreten Fall tatsächlich inhaliert bzw. ausatmet und mit welchen Schadstoffen somit die Raumluft belastet wird. Das BfR empfiehlt daher, E-Zigaretten in Nichtraucherbereichen wie herkömmliche Zigaretten zu behandeln und das E-Rauchen dort zu untersagen.